Eduskunnan apulaispääsihteerin viran vakinainen haltija hoitaa eduskunnan työjärjestyksen 75 §:n mukaisesti eduskunnan pääsihteerin tehtäviä, koska vakituinen viranhaltija on estynyt hoitamaan tehtäväänsä. Haettavana olevan viran määräaikaisuus päättyy, kun apulaispääsihteerin vakituinen viranhaltija palaa tehtäväänsä.
Valiokuntasihteeristön päällikkönä on eduskunnan apulaispääsihteeri.
Eduskunnan apulaispääsihteeri toimii eduskunnan pääsihteerin sijaisena sekä avustaa hänen tehtäviensä hoitamisessa. Eduskunnan apulaispääsihteeri huolehtii valiokuntien ja valiokuntakanslioiden toiminnan yleisestä suunnittelusta, ohjauksesta ja seurannasta sekä johtaa ja valvoo valiokuntien apuna niiden sihteerien toimintaa. Lisäksi eduskunnan apulaispääsihteeri huolehtii mahdollisuuksien mukaan eduskunnan lainsäädäntötyön teknisestä tasosta ja kehittämisestä.